Dans tout écosystème, les facteurs de l'environnement non liés au vivant (facteurs abiotiques) ont une influence primordiale sur la présence et le maintien des êtres vivants. Plus ils sont favorables, plus les organismes vivants sont nombreux et variés. Lorsque les conditions deviennent défavorables, les êtres vivants vont développer des adaptations morphologiques, physiologiques, comportementales spécifiques.

Parmi les facteurs abiotiques pouvant influer sur le peuplement d'une mare, On peut distinguer:

L'eau :

C'est bien sûr le facteur essentiel. Du fait de la faible surface impliquée ici, sa quantité et sa qualité (notamment sa transparence) peuvent varier très rapidement. Les animaux présents dans ce milieu peuvent supporter des périodes de relative sécheresse grâce à des nombreuses adaptations morphologiques ou physiologiques. Pour certaines espèces, le cycle de vie leur permet de résister à ces conditions défavorables. Par contre, peu de végétaux aquatiques se développent dans une eau trouble. Plusieurs facteurs agissent sur la limpidité de l'eau: nature du sol, source d'approvisionnement en eau, nature et quantité de particules en suspension, agitation, température, pollutions accidentelles, présence d'un voile bactérien en surface, abondance en plancton végétal, etc ...

Le dioxygène :

Les végétaux et les animaux respirant exclusivement dans l'eau (plantes hydrophytes) ont parfois des difficultés d'approvisionnement en ce gaz essentiel car la proportion de dioxygène dissous dans l’eau est 33 fois moindre que dans l’air. Par contre, la plupart des êtres vivants que l'on peut trouver dans ce milieu peuvent se procurer de l'0₂ en ayant une partie de leur organisme à l'air libre (plantes halophytes) ou en remontant à la surface (pour les animaux).

Le dioxygène de l’eau est d’origine atmosphérique et photosynthétique:

• • • atmosphérique: l'O₂ de l'air se dissout dans l'eau. Le froid et l’agitation favorise cette dissolution.
    • photosynthétique: les végétaux verts chlorophylliens produisent du dioxygène le jour seulement. L’oxygénation de l’eau varie donc selon l'intensité d'éclairement de la surface mais aussi de la température, la profondeur (température plus élevée en surface), et la densité des végétaux photosynthétiques.

Le dioxyde de carbone :

Ce gaz très soluble dans l'eau est indispensable à la photosynthèse. Il est essentiellement d’origine atmosphérique mais provient également des respirations végétale et animale. Ici, la dissolution des roches calcaires présentes dans ce milieu a une faible implication.

La température :

La profondeur d'une mare étant très faible, on peut considérer qu'il n'y a pas de grandes différences de température entre la surface et le fond. De plus, à un instant donné, la température de l'eau est peu différente de celle de l'air. Par contre, sur l'année, les espèces vivantes doivent bien souvent supporter une importante variation de température (gel en hiver à partir de - 5°C ; en été, on peut atteindre aisément 24°C). Au printemps, les zones plus chaudes sont recherchées par diverses larves hétérothermes, incapables de réguler leur température corporelle. Si l'eau devient trop chaude, cela peut être fatal à de nombreuses espèces vivantes: la présence de zones de refuge dans l'eau ou sur les berges permet de limiter cette mortalité.  En hiver, l'eau peut être gelée en surface mais pas au fond: on y trouvera alors la majorité des espèces qui respirent avec des branchies ou par la peau.

Les sels minéraux :

L’eau est le solvant de ces sels minéraux. Tous les sels minéraux, nécessaires à la croissance des plantes, peuvent être présents dans l’eau.

La lumière :

La lumière est indispensable à la photosynthèse des plantes chlorophylliennes, donc à l’oxygénation de l’eau. Du fait de la faible profondeur d'une mare, seules l’exposition et la transparence de l’eau peuvent être impliquées dans la limitation de l'activité photosynthétique et la croissance des plantes.